Forum@DeGiorgi :: Pogledajte temu - Bioinformatika 2008.

Bioinformatika 2008.

through

[^/[Print]\]
Idite na 1, 2 Sljedeće :| |:
Forum@DeGiorgi -> Bioinformatika

#1: Bioinformatika 2008. Autor/ica: 13_mac,

Postano: 19:20 uto, 11. 3. 2008
—
Moze par recenica kako je bilo na uvodnom predavanju iz Bioinformatike prosli tjedan? Da li su obavezna predavanja, tj. da preoblikujem pitanje... --> Da li pomazu u pracenju na vjezbama? Prvi put slusam pa bih volio par informacija... thnx Wink

#2: Autor/ica: goranm,

Postano: 19:41 uto, 11. 3. 2008
—
Profesor nije ništa rekao o obveznosti dolaska na predavanja, ali je napomenuo da bi se na vježbe trebalo dolaziti (jer se preko vježbi polaže kolegij), a na vježbama je asist. Karaga rekla da će se na vježbama obraditi sve što je potrebno za rješavanje zadataka.

Poznajem profesora od prije i mislim da nije tip profesora koji će zamjeriti nedolazak na predavanja. Uostalom, ja sam položio staru ne-bolonjsku varijantu ovog kolegija bez da sam bio na jednom predavanju (i vježbama) jer su mi se termini predavanja i vježbi preklapali s terminima obveznih kolegija.

Meni se čini da je korisno svratiti bar na ona dvosatna predavanja petkom jer će biti par predavača s biološkog odsjeka. Baš ovaj petak dolazi jedan profesor s biologije, nisam zapamtio ime.

#3: Autor/ica: 13_mac,

Postano: 6:03 sri, 12. 3. 2008
—
Thnx na info. Wink

((E da, Bioinf ima predavanja u cet od 12-13, i u pet 14-16h??))

#4: Autor/ica: goranm,

Postano: 12:54 sri, 12. 3. 2008
—
Jedna grupa ima četvrtkom 14-15, druga 12-13, obje petak 14-16.

#5: Autor/ica: goranm,

Postano: 12:08 čet, 20. 3. 2008
—
Što se tiče moje usporedbe ovog kolegija s starom ne-bolonjskom varijantom, ona je ipak malo nespretna zbog toga što sam taj kolegij upisao kao student 3. godine, a položio nakon završetka 6. semestra, tj. tada sam bio bar 2 semestra ispred u odnosu na studenta 2. godine preddiplomskog studija tako da je meni na neki način bilo lakše razumijeti taj kolegij tada nego što ga možda sada razumije neki student 2. godine.

Tako da dolazak na predavanja se preporučuje, a preko vježbi se polaže i neće biti naknadnog roka za polaganje kolegija pa potrudite se doći na vježbe (i predavanja) jer vjerojatno jedini način na koji možete pasti ovaj kolegij je tako da se ne pojavite na vježbama.

#6: Autor/ica: 13_mac,

Postano: 17:29 čet, 20. 3. 2008
—
Je li imamo sutra(veliki petak) predavanja od 14-16(u predavaoni 006, kolko sam shvatio)?

#7: Autor/ica: Luuka, Lokacija: Hakuna Matata

Postano: 21:18 čet, 20. 3. 2008
—
Nema predavanja sutra Wink

#8: Autor/ica: 13_mac,

Postano: 23:30 ned, 30. 3. 2008
—
Danas vjezbe kod asist Barberic ima grupa A, tj. od A-F, jel tako?
Malo sam zbunjen zbog uskrsnog ponedjeljka pa jel moze neko ovo potvrditi?
Hvala!

#9: 1. zadaca Autor/ica: 13_mac,

Postano: 10:42 ned, 13. 4. 2008
—
Jel moze neko malo pojasniti sto "tocno" treba napraviti u 1. dz?!?!?

#10: Autor/ica: goranm,

Postano: 13:13 ned, 13. 4. 2008
—
Mora se napraviti (7+1)x(10+1) matrica koju ćeš popunjavati na način

uz uvjete d=8, F(0,j)=-j*d, F(i,0)=-i*d. B(x_i,y_i) je score među dvije aminokiseline koji je dan u blosum matrici B napisanoj u kosturu programa na http://web.math.hr/~karaga/nwkostur.c .

Uvodi se još matrica P kojom se pamti iz koje ćelije smo izračunali ćeliju F(i,j). Ako je maksimum u F(i,j) bio F(i-1,j-1)+B(xi,yi), onda P(i,j)=1, to jest došli smo iz ćelije gore-lijevo. Ako je max bio F(i,j-1), onda P(i,j)=2, došli smo slijeva. Ako je max bio F(i-1,j)-d, onda P(i,j)=3, to jest došli smo odozgo. Uvjet na P je P(0,0)=0.

Zadnji element u matrici F će dati najbolji score poravnanja i sada moraš pomoću matrice P otkriti kojim putem se je došlo do tog scorea. Kreće se od kraja matrice P.

Ako je P(i,j)=1, znači da smo došli od gore lijevo pa u niz xx (to jest string u koji ispisujemo poravnanje za x) upisujemo x_i, a u drugi niz (poravnanje za y) upisujemo y_j i prebacujemo se u element koji je gore-lijevo u matrici P, tj. P(i-1,j-1).

Ako je P(i,j)=2, onda smo došli slijeva i u niz za x ispisujemo '-', a u niz za y ispisujemo y_j i prebacujemo se u P(i,j-1).

Ako je P(i,j)=3, onda smo došli odozgo i u niz za x ispisujemo x_i, a u niz za y ispisujemo '-' i prebacujemo se u P(i-1,j).

To se radi dok P(i,j)!=0, to jest dok se ne dođe do početka matrice P.
Sada se još stringovi u kojima je upisano poravnanje moraju ispisati jedan ispod drugoga, ali u obrnutom redoslijedu jer smo pomoću matrice P poravnanje upisivali odozada.

Upute za algoritam su ispisane u udžbeniku Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison - Biological Sequence Analysis.

Na stranici asist. Karage je ispisana matrica F koja se mora dobiti (uz mali ispravak: score između P i W mora biti -41, ne -42) a strelice na toj matrici označuju iz koje ćelije je koji element izračunat. Može se desiti da nekome matrica P bude nešto drugačija nego što je to na "službenoj" matrici jer se može desiti da F(i,j) može imati maksimum i ako dolazi od F(i-1,j-1) i ako dolazi od F(i-1,j) i ako dolazi od F(i,j-1) to jest u element (i,j) se može doći iz više ćelija.

#11: Autor/ica: pins,

Postano: 21:43 pon, 21. 4. 2008
—
a je li nam predaja 9.5. ili nekad ranije?

#12: Autor/ica: 13_mac,

Postano: 12:43 pon, 5. 5. 2008
—
Koja grupa ima danas vjezbe?

Edit: Molim vas da li moze netko(tko zna) mi reci koja grupa je imala sad u ponedjeljak vjezbe , tj. koja grupa ima sljedeci tjedan vjezbe?

hvala

#13: Autor/ica: ivanzub,

Postano: 14:37 čet, 8. 5. 2008
—

goranm (napisa):

Ako je P(i,j)=2, onda smo došli slijeva i u niz za x ispisujemo '-', a u niz za y ispisujemo y_j i prebacujemo se u P(i,j-1).

Ako je P(i,j)=3, onda smo došli odozgo i u niz za x ispisujemo x_i, a u niz za y ispisujemo '-' i prebacujemo se u P(i-1,j).

Gorane, hvala ti na ovome postu. uvelike si mi pomogao pri rjesavanju zadace.

Samo mala ispravka, kada je P=2 → u niz x ispisujemo x_i, a u niz y '-'
P=3 → u niz x ide '-' a u niz y ide y_i (prebacivanje ostaje kako pise).

EDIT: ma vrijedi i jedno i drugo, ovisno o tome kako je napravljena matrica F.

#14: Autor/ica: Gost,

Postano: 16:43 ned, 11. 5. 2008
—
Jel moze neko malo pojasniti sto "tocno" treba napraviti u 2. dz?!?!?

#15: Autor/ica: 13_mac,

Postano: 22:58 ned, 11. 5. 2008
—
Koja grupa ima sutra vjezbe kod asist. Barberovic?

#16: Autor/ica: biba,

Postano: 1:26 pon, 12. 5. 2008
—
ako se ne varam- 1. grupa... odnosno, grupa A!! Confused

#17: Autor/ica: Luuka, Lokacija: Hakuna Matata

Postano: 12:32 čet, 22. 5. 2008
—
Jel netko rješava Viterbija da mi provjeri matrice M i P?

Napomena: dobro je i ako je transponirana, ja sam uzeo da su stupci slova, a retci stanja

Prilažem i datoteku sa matricama emisija i tranzicija, unutra je i niz

i trebo bih pomoć kod backtrackinga... Molim, kumim i preklinjem!

Hvala

vitulaz.txt

Description:

Download

Filename:

vitulaz.txt

Filesize:

915 Bytes

Downloaded:

218 Time(s)

datoteka.txt

Description:

Download

Filename:

datoteka.txt

Filesize:

714 Bytes

Downloaded:

219 Time(s)

#18: Autor/ica: bubble,

Postano: 16:18 čet, 22. 5. 2008
—
Meni su stanja stupci, redovi slova niza. Evo sto sam ja dobila (i jos neki, pa se nadam da je dobro, ali ako je jos netko dobio.. Smile

)

MATRICA M
1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.040000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000180 0.001700 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000019 0.000002 0.000013 0.000101 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000001 0.000000 0.000004 0.000004

MATRICA P
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
-1 0 0 3 3 5 5 7 7
-1 1 1 2 2 5 5 7 7
-1 1 1 3 3 4 4 7 7
-1 1 1 3 3 5 5 6 7

Konacno rjesenje: B-M1-M2-M3-I3-E

Luuka, rado bi ti pomogla ali ne zelim ti krivo nesto reci. Ako je netko ovo dobio (ili nije), molim ga da bude dobar i napise sto je dobio. Smile

Ne da mi se pisat ni nacin na koji sam dobila P ako ovo konacno ne valja.. ah..

#19: Autor/ica: Luuka, Lokacija: Hakuna Matata

Postano: 16:32 čet, 22. 5. 2008
—
Za NADV rješenje je B-M1-M2-I2-M3-E. Tako reko profesor...

#20: Autor/ica: bubble,

Postano: 17:14 čet, 22. 5. 2008
—

Luuka (napisa):

Za NADV rješenje je B-M1-M2-I2-M3-E. Tako reko profesor...

Onda je krivo rekao. Smile

Salim se, nemam pojma onda. Ne znam di bi mi greska bila, osim ako nisam prepisala formule krivo.

Forum@DeGiorgi -> Bioinformatika

output generated using printer-friendly topic mod. Vremenska zona: GMT + 01:00.

Idite na 1, 2 Sljedeće :| |: Stranica 1 / 2.