Računarski praktikum za studente biologije

Izvor: KiWi

Inačica od 21:50, 20. lipnja 2013. (vidi izvor) 90.137.186.144 (Razgovor) (→Kratki opisi projektnih zadataka) ← Starija izmjena		Trenutačna izmjena od 14:57, 11. ožujka 2015. (vidi izvor) Goranigaly (Razgovor | doprinosi) (→Prve vježbe)
(Nije prikazano 25 međuinačica)
Redak 1:		Redak 1:
-	Pišite, brišite - ovo su stranice namijenjene zajedničkom radu.	+	== Prve vježbe ==
-	== Početna anketa ==	+	* Predavanja i vježbe - Goran Igaly, srijeda 16-19 (Pr3)
		+	* [http://www.pmf.unizg.hr/_download/repository/Kalendar_nastave_2014-2015.pdf Kalendar nastave - Biološki odsjek]
		+	* [http://www.math.pmf.unizg.hr/sites/default/files/kalendar14-15.pdf Kalendar nastave - Matematički odsjek]
		+	* [http://www.pmf.unizg.hr/_download/repository/Raspored_predavanja_za_ljetni_semestar_14-15_PREDDIPLOMSKI_STUDIJI.pdf#6 Raspored predavanja za ljetni semestar akademske godine 2014./2015.]
-	Za one koji nisu bili na prvim vježbama: Molim odgovorite na sljedeća pitanja i odgovore pošaljite putem e-pošte na adresu: goran.igaly@gmail.com	+	Molim odgovorite na pitanja iz ove [https://docs.google.com/forms/d/1uYU5iWEMxawYWzD5w1stufhbKaqdkALM9z8caWG7XmE/viewform ankete]
-	# Ime i prezime, JMBAG, Smjer i godina studija	+	'''Prikupljanje podataka putem Interneta''' Jeste li kada prikupljali neke podatke? Na koji način ste to radili? Koristite li Google Drive? Koristite li gmail? Kako prikupiti odgovore na ova pitanja?
-	# Koje ste kolegije tijekom studija slušali (položili), a u nazivu imaju "matemat", "račun", "statist" ?	+
-	# Jeste li tijekom studija slušali još neki kolegij (koji nije naveden pod 2), a mogao bi imati veze s obradom podataka	+
-	# Koliko je stranica imao najveći dokument u Wordu kojega ste napravili? Je li sadržavao nešto od sljedećeg: Automatski sadržaj, indeks pojmova, kros referenciranje, zaglavlja (header), podnožja (footer), automatsku numeraciju slika	+
-	# Koliko ste PPT prezentacija napravili do sata (otprilike) 0, 1-5, 6-10, 10-20, >20 ?	+
-	# Nabrojite 8 funkcija Excela koje znate (ili sve, ako znate manje od 8)	+
-	# Koliko fotografija imate u foto albumu (albumima)? 0, <100, 101-1000, >1000 (misli se na foto-album na webu)?	+
-	# Koristite li nešto od sljedećeg: aim, live messenger, icq, skype, google talk… ?	+
-	# Ako ima još nešto što bi moglo biti (po vašem mišljenju) važno kao predznanje za ovaj kolegij, molim napišite. Obećajem da neću zloupotrijebiti.	+
		+	Bavit ćemo se prikupljanjem podataka, njihovim analizom i obradom, te objavljivanjem
-	https://sites.google.com/site/barbeeee5828/	+	Saznati kad su studenti na terenu. Izraditi interni kalendar nastave za kolegij RP
		+
		+	== Što su podaci? ==
		+
		+	=== S Wikipedije ===
		+
		+	'''Podatak''' je činjenica predočena u formaliziranom obliku, npr. kao broj, riječ ili slika.
		+	Podatak (engl. ''datum'' za jedninu, ''data'' za množinu) predstavlja simbolički i formaliziran prikaz činjenica, pojmova i instrukcija, pogodan za komuniciranje, interpretaciju i obradu uz pomoć ljudi ili strojeva.
		+
		+	Podatak je u osnovi poruka koja se može i ne mora iskoristiti. Ako postoji i najmanja vjerojatnost da se poruka jednoznačno i točno iskoristi, te predstavlja neosporivu činjenicu, tada predstavlja ''informaciju''. Svojstva objekata i njihovih odnosa u prostoru i vremenu izražavamo podacima. Podatak je u suštini nesupstancijalne naravi, i primarno postoji kao misaoni objekt.
		+
		+	Pridružen je nekom konceptu, odnosno značenju kojim opisujemo svojstva.
		+
		+	Podatak se može shvatiti kao apstraktna struktura sastavljena od:
		+	* značenja (naziv i opis značenja određenog svojstva)
		+	* vrijednosti (mjera i iznos)
		+	* vremena
		+
		+	Podatak je pojam koji opisuje i kvantificira stanje nekog procesa u realnom svijetu.
		+
		+	'''Informacija''' je rezultat obrade, manipulacije i organiziranja podataka na način koji dodaje znanje primatelju.
		+
		+
		+	=== Iz [http://narodne-novine.nn.hr/clanci/sluzbeni/2012_09_106_2300.html Zakona o zaštiti osobnih podataka] ===
		+
		+	(Članak 2.)
		+
		+	Pojedini izrazi u ovom Zakonu imaju sljedeće značenje:
		+
		+	1. '''Osobni podatak''' je svaka informacija koja se odnosi na identificiranu fizičku osobu ili fizičku osobu koja se može identificirati (u daljnjem tekstu: ispitanik); osoba koja se može identificirati je osoba čiji se identitet može utvrditi izravno ili neizravno, posebno na osnovi identifikacijskog broja ili jednog ili više obilježja specifičnih za njezin fizički, psihološki, mentalni, gospodarski, kulturni ili socijalni identitet.
		+
		+	=== S [http://hjp.novi-liber.hr/ Hrvatskog jezičnog portala] ===
		+
		+	(Podatak je) činjenica za koju se zna da se dogodila, da postoji ili da je istinita
		+
		+	== Zadatak 0 ==
		+	* Na računala u Praktikumu 3 se prijavljujete pomoću svog AAI korisničkog imena i lozinke. Korisničko ime treba upisati u obliku: korisnickoIme@bio
		+	* Ako nemate, kreirajte korisnički račun na Googleu
		+
		+	== Zadatak 1 ==
		+	Napravite Upitnik s barem 5 pitanja. Koristite barem 3 različite vrste pitanja
		+
		+
		+
		+	Za one koji nisu bili na prvim vježbama: Molim odgovorite na pitanja iz ankete
		+
		+	== 1. domaća zadaća ==
		+
		+	Napravite Excel tablicu s podacima koje ste dobili mjerenjima na nakom kolegiju tijekom studija. Podaci trebaju biti zapisani u stupcima i u zaglavlju svakog stupca treba biti opis što taj stupac predstavlja.
		+
		+	Ako nemate takvih podataka, pronađite podatke o 50 najvećih gradova/mjesta u Hrvatskoj i upišite ih u Excel tablicu. Zaglavlja stupaca trebaju biti "Naziv", "Broj stanovnika" i eventualno "Godina" (ako je poznato iz koje je godine podatak o broju stanovnika.
		+
		+	Datoteku sa svojim zadatkom sažmite ("pozipajte") i pošaljite na adresu racunarski.praktikum@gmail.com
		+
		+	Rok do kojega zadaća treba stići je srijeda, 18.3.2015. do 14 sati.
		+
		+	U polje "Predmet" ("Subject") upišite "RP-bio Ime Prezime" (Ime Prezime je vaše ime i prezime)
		+
		+	== Ishodi učenja ==
		+
		+	# Definirati osnovne pojmove informacijsko-komunikacijske tehnologije i opisati njihovu ulogu u stručnom radu
		+	# Pravilno strukturirati dokument sa stručnim sadržajem i pripremiti za različite vrste objave u papirnatom i elektroničkom obliku
		+	# Implementirati osnovne matematičke algoritme korištenjem proračunskih tablica
		+	# Kreirati prezentacijske materijale temeljene na rezultatima istraživanja
		+	# Odabrati pravilan računalni alat za obradu određenih skupova podataka, ovisno o količini podataka i zahtijevanoj vrsti obrade
		+	# Primijeniti ranije naučene statističke metode na konkretnim primjerima koristeći proračunske tablice
		+	# Primijeniti ranije naučene statističke metode na konkretnim primjerima koristeći specijalizirani statistički softver
		+	# Pripremiti podatke za statističku računalnu obradu
		+	# Kreirati mrežno mjesto za sustavni prikaz rezultata istraživanja
		+	# Vrednovati stručni rad na temelju prezentiranih rezultata
		+
		+	== SADRŽAJ PREDMETA ==
		+
		+	Predmet integrira statističke sadržaje s praktičnim znanjima i vještinama korištenja računalne tehnologije. Tijekom predavanja izlažu se nastavni sadržaji koji se potom realiziraju u praktičnom radu na vježbama. Praktični rad započet na vježbama dovršava se kod kuće ili u praktikumima na fakultetu i objavljuje na mrežnim stranicama, u pravilu do idućeg bloka predavanja odnosno vježbi.
		+
		+
		+
		+	== Nastavni materijali iz akademske godine 2013/14. ==
		+
		+	[http://viveka.math.hr/nastava/biolozi/]
	== Predavanja / vježbe ==		== Predavanja / vježbe ==
Redak 52:		Redak 127:
	|Termička denaturacija DNA-apsorbancija u UV području		|Termička denaturacija DNA-apsorbancija u UV području
	|BCA metoda: Određivanje koncentracije proteina		|BCA metoda: Određivanje koncentracije proteina
-	https://sites.google.com/site/marijavilajrp/	+	https://sites.google.com/site/marijavilajrp/
	|-		|-
	| Marina Srbić		| Marina Srbić
Redak 89:		Redak 164:
	| Iva Soža		| Iva Soža
	|Obrada kosinusa i sinusa u R-u		|Obrada kosinusa i sinusa u R-u
-	|-Emisija stakleničkih plinova u svijetu	+	|Emisija stakleničkih plinova u svijetu
		+	https://sites.google.com/site/ivasozaracunarskipraktikum/veliki-projekt-1
		+	|-
	| Leona Radmanić		| Leona Radmanić
	|duljina krila bjeloglavog supa		|duljina krila bjeloglavog supa
	|HIV- virus humane imunodeficijencije		|HIV- virus humane imunodeficijencije
-	|https://sites.google.com/site/mirisavosunce/home	+	https://sites.google.com/site/mirisavosunce/home
	|-		|-
	| Jelena Jakupić		| Jelena Jakupić
Redak 101:		Redak 178:
	|-		|-
	| Anamarija Butković		| Anamarija Butković
-	| Usporedba slijeda aminokiselina u proteinskim produktima HIV-a i ebole	+	|Usporedba slijeda aminokiselina u proteinskim produktima HIV-a i ebole
-	Obrada popisa stanovnistva iz 2011.godine	+	|Obrada popisa stanovnistva iz 2011.godine
	https://sites.google.com/site/rpbio2013/my-forms		https://sites.google.com/site/rpbio2013/my-forms
	|-		|-

---

Trenutačna izmjena od 14:57, 11. ožujka 2015.

Sadržaj 1 Prve vježbe 2 Što su podaci? 2.1 S Wikipedije 2.2 Iz Zakona o zaštiti osobnih podataka 2.3 S Hrvatskog jezičnog portala 3 Zadatak 0 4 Zadatak 1 5 1. domaća zadaća 6 Ishodi učenja 7 SADRŽAJ PREDMETA 8 Nastavni materijali iz akademske godine 2013/14. 9 Predavanja / vježbe 9.1 Excel - 1 10 Kratki opisi projektnih zadataka 11 Sadržaji iz ranijih akadaemskih godina

Prve vježbe

• Predavanja i vježbe - Goran Igaly, srijeda 16-19 (Pr3)
• Kalendar nastave - Biološki odsjek
• Kalendar nastave - Matematički odsjek
• Raspored predavanja za ljetni semestar akademske godine 2014./2015.

Molim odgovorite na pitanja iz ove ankete

Prikupljanje podataka putem Interneta Jeste li kada prikupljali neke podatke? Na koji način ste to radili? Koristite li Google Drive? Koristite li gmail? Kako prikupiti odgovore na ova pitanja?

Bavit ćemo se prikupljanjem podataka, njihovim analizom i obradom, te objavljivanjem

Saznati kad su studenti na terenu. Izraditi interni kalendar nastave za kolegij RP

Što su podaci?

S Wikipedije

Podatak je činjenica predočena u formaliziranom obliku, npr. kao broj, riječ ili slika. Podatak (engl. datum za jedninu, data za množinu) predstavlja simbolički i formaliziran prikaz činjenica, pojmova i instrukcija, pogodan za komuniciranje, interpretaciju i obradu uz pomoć ljudi ili strojeva.

Podatak je u osnovi poruka koja se može i ne mora iskoristiti. Ako postoji i najmanja vjerojatnost da se poruka jednoznačno i točno iskoristi, te predstavlja neosporivu činjenicu, tada predstavlja informaciju. Svojstva objekata i njihovih odnosa u prostoru i vremenu izražavamo podacima. Podatak je u suštini nesupstancijalne naravi, i primarno postoji kao misaoni objekt.

Pridružen je nekom konceptu, odnosno značenju kojim opisujemo svojstva.

Podatak se može shvatiti kao apstraktna struktura sastavljena od:

• značenja (naziv i opis značenja određenog svojstva)
• vrijednosti (mjera i iznos)
• vremena

Podatak je pojam koji opisuje i kvantificira stanje nekog procesa u realnom svijetu.

Informacija je rezultat obrade, manipulacije i organiziranja podataka na način koji dodaje znanje primatelju.

Iz Zakona o zaštiti osobnih podataka

(Članak 2.)

Pojedini izrazi u ovom Zakonu imaju sljedeće značenje:

1. Osobni podatak je svaka informacija koja se odnosi na identificiranu fizičku osobu ili fizičku osobu koja se može identificirati (u daljnjem tekstu: ispitanik); osoba koja se može identificirati je osoba čiji se identitet može utvrditi izravno ili neizravno, posebno na osnovi identifikacijskog broja ili jednog ili više obilježja specifičnih za njezin fizički, psihološki, mentalni, gospodarski, kulturni ili socijalni identitet.

S Hrvatskog jezičnog portala

(Podatak je) činjenica za koju se zna da se dogodila, da postoji ili da je istinita

Zadatak 0

• Na računala u Praktikumu 3 se prijavljujete pomoću svog AAI korisničkog imena i lozinke. Korisničko ime treba upisati u obliku: korisnickoIme@bio
• Ako nemate, kreirajte korisnički račun na Googleu

Zadatak 1

Napravite Upitnik s barem 5 pitanja. Koristite barem 3 različite vrste pitanja

Za one koji nisu bili na prvim vježbama: Molim odgovorite na pitanja iz ankete

1. domaća zadaća

Napravite Excel tablicu s podacima koje ste dobili mjerenjima na nakom kolegiju tijekom studija. Podaci trebaju biti zapisani u stupcima i u zaglavlju svakog stupca treba biti opis što taj stupac predstavlja.

Ako nemate takvih podataka, pronađite podatke o 50 najvećih gradova/mjesta u Hrvatskoj i upišite ih u Excel tablicu. Zaglavlja stupaca trebaju biti "Naziv", "Broj stanovnika" i eventualno "Godina" (ako je poznato iz koje je godine podatak o broju stanovnika.

Datoteku sa svojim zadatkom sažmite ("pozipajte") i pošaljite na adresu racunarski.praktikum@gmail.com

Rok do kojega zadaća treba stići je srijeda, 18.3.2015. do 14 sati.

U polje "Predmet" ("Subject") upišite "RP-bio Ime Prezime" (Ime Prezime je vaše ime i prezime)

Ishodi učenja

1. Definirati osnovne pojmove informacijsko-komunikacijske tehnologije i opisati njihovu ulogu u stručnom radu
2. Pravilno strukturirati dokument sa stručnim sadržajem i pripremiti za različite vrste objave u papirnatom i elektroničkom obliku
3. Implementirati osnovne matematičke algoritme korištenjem proračunskih tablica
4. Kreirati prezentacijske materijale temeljene na rezultatima istraživanja
5. Odabrati pravilan računalni alat za obradu određenih skupova podataka, ovisno o količini podataka i zahtijevanoj vrsti obrade
6. Primijeniti ranije naučene statističke metode na konkretnim primjerima koristeći proračunske tablice
7. Primijeniti ranije naučene statističke metode na konkretnim primjerima koristeći specijalizirani statistički softver
8. Pripremiti podatke za statističku računalnu obradu
9. Kreirati mrežno mjesto za sustavni prikaz rezultata istraživanja
10. Vrednovati stručni rad na temelju prezentiranih rezultata

SADRŽAJ PREDMETA

Predmet integrira statističke sadržaje s praktičnim znanjima i vještinama korištenja računalne tehnologije. Tijekom predavanja izlažu se nastavni sadržaji koji se potom realiziraju u praktičnom radu na vježbama. Praktični rad započet na vježbama dovršava se kod kuće ili u praktikumima na fakultetu i objavljuje na mrežnim stranicama, u pravilu do idućeg bloka predavanja odnosno vježbi.

Nastavni materijali iz akademske godine 2013/14.

[1]

Predavanja / vježbe

Excel - 1

• login / password
• degiorgi.math.hr/kiwi
• \\hal\public
• početna anketa - predznanje
• Učitati podatke s globe.gov (dobije se export.csv)
• 1. neuspješno otvaranje Excelom
• U Notepadu pogledamo što je u datoteci
• Promijenimo u Wordu zarez u tabulator
• Novi pokušaj (Notepad - select all - copy - Excel - paste)
• Promijenimo u Wordu točku u zarez
• Novi pokušaj (Notepad - select all - copy - Excel - paste)
• Napravimo scatter graf (uloga kombinacije Ctrl+strelica dolje/gore/lijevo/desno)
• Osnovne intervencije na grafu (veličina točaka, smjer oznaka na x osi, veličina fonta, vrsta linije (boja)
• https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0Ah0qe0QfGRCxdE1CcHRvVjJSNGxYWW5QRDZlZS1HWnc#gid=0

Kratki opisi projektnih zadataka

Student	Mali zadatak	Projektni zadatak
Adam Cvrtila	Apsorpcijski spektar pigmenata https://sites.google.com/site/adamcvrtilarp/	Apsorpcijski spektar pigmenata https://sites.google.com/site/adamcvrtilarp/
Marija Vilaj	Termička denaturacija DNA-apsorbancija u UV području	BCA metoda: Određivanje koncentracije proteina https://sites.google.com/site/marijavilajrp/
Marina Srbić	Određivanje koncentracije nepoznatog proteinskog uzorka	Utjecaj temefosa na aktivnost acetilkolinesteraze kod gujavica https://sites.google.com/site/marinasrbicracunarskipraktikum/
Matea Cedilak	Titracijska krivulja alanina	Spolni dimorfizam kravosasa https://sites.google.com/site/cedilakracunarskipraktikum/
Sanya Eduarda Kužet	histogram veličine vrabaca	veliki projekt https://sites.google.com/site/sanyarp2013/download
Barbara Skender	Srednje vrijednosti duljine krila vrapčića	Usporedba stopa smrtnosti po rasi i spolu oboljelih od Hodgkinovog limfoma u USA. stranica: https://sites.google.com/site/velikiprojektbarbs/
Damjan Mitić	Konduktometrija	Utjecaj razine unosa duhana na pojavu srčanih bolesti https://sites.google.com/site/racunarskipraktikumdamjanmitic/home
Elizabeta Zaplatić	Termička denaturacija DNA	Usporedba veličine listova bršljana u različitim uvjetima https://sites.google.com/site/velikiprojektzaplatic/
Ivana Šašek	Vrste riba u Jadranu,novorođenčad	Obrada podataka o broju oboljelih od malarije u svijetu za razdoblje od 2006. do 2011. godine https://sites.google.com/site/ivanasasekrpb2013/
Iva Soža	Obrada kosinusa i sinusa u R-u	Emisija stakleničkih plinova u svijetu https://sites.google.com/site/ivasozaracunarskipraktikum/veliki-projekt-1
Leona Radmanić	duljina krila bjeloglavog supa	HIV- virus humane imunodeficijencije https://sites.google.com/site/mirisavosunce/home
Jelena Jakupić	Duljina vrata kod žirafa	Duljina životnog vijeka https://sites.google.com/site/jelenajakupic/
Anamarija Butković	Usporedba slijeda aminokiselina u proteinskim produktima HIV-a i ebole	Obrada popisa stanovnistva iz 2011.godine https://sites.google.com/site/rpbio2013/my-forms
Mislav Majnarić	Potenciometrija	Mjerenje tijela kornjača https://sites.google.com/site/mislavracunarskipraktikum/veliki-projekt

Sadržaji iz ranijih akadaemskih godina

• 2011/12
• 2009/10
• 2008/09
• 2007/08