Bioinformatika 2008.

[13_mac]

Moze par recenica kako je bilo na uvodnom predavanju iz Bioinformatike prosli tjedan? Da li su obavezna predavanja, tj. da preoblikujem pitanje... --> Da li pomazu u pracenju na vjezbama? Prvi put slusam pa bih volio par informacija... thnx

_________________
Đante tanda fandiga?

[goranm]

Profesor nije ništa rekao o obveznosti dolaska na predavanja, ali je napomenuo da bi se na vježbe trebalo dolaziti (jer se preko vježbi polaže kolegij), a na vježbama je asist. Karaga rekla da će se na vježbama obraditi sve što je potrebno za rješavanje zadataka.

Poznajem profesora od prije i mislim da nije tip profesora koji će zamjeriti nedolazak na predavanja. Uostalom, ja sam položio staru ne-bolonjsku varijantu ovog kolegija bez da sam bio na jednom predavanju (i vježbama) jer su mi se termini predavanja i vježbi preklapali s terminima obveznih kolegija.

Meni se čini da je korisno svratiti bar na ona dvosatna predavanja petkom jer će biti par predavača s biološkog odsjeka. Baš ovaj petak dolazi jedan profesor s biologije, nisam zapamtio ime.

_________________
The Dude Abides

[13_mac]

Thnx na info.
((E da, Bioinf ima predavanja u cet od 12-13, i u pet 14-16h??))

_________________
Đante tanda fandiga?

[goranm]

Jedna grupa ima četvrtkom 14-15, druga 12-13, obje petak 14-16.

_________________
The Dude Abides

[goranm]

Što se tiče moje usporedbe ovog kolegija s starom ne-bolonjskom varijantom, ona je ipak malo nespretna zbog toga što sam taj kolegij upisao kao student 3. godine, a položio nakon završetka 6. semestra, tj. tada sam bio bar 2 semestra ispred u odnosu na studenta 2. godine preddiplomskog studija tako da je meni na neki način bilo lakše razumijeti taj kolegij tada nego što ga možda sada razumije neki student 2. godine.

Tako da dolazak na predavanja se preporučuje, a preko vježbi se polaže i neće biti naknadnog roka za polaganje kolegija pa potrudite se doći na vježbe (i predavanja) jer vjerojatno jedini način na koji možete pasti ovaj kolegij je tako da se ne pojavite na vježbama.

_________________
The Dude Abides

[13_mac]

Je li imamo sutra(veliki petak) predavanja od 14-16(u predavaoni 006, kolko sam shvatio)?

_________________
Đante tanda fandiga?

[Luuka]

Nema predavanja sutra

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[13_mac]

Danas vjezbe kod asist Barberic ima grupa A, tj. od A-F, jel tako?
Malo sam zbunjen zbog uskrsnog ponedjeljka pa jel moze neko ovo potvrditi?
Hvala!

_________________
Đante tanda fandiga?

[13_mac]

Jel moze neko malo pojasniti sto "tocno" treba napraviti u 1. dz?!?!?

_________________
Đante tanda fandiga?

[goranm]

Mora se napraviti (7+1)x(10+1) matrica koju ćeš popunjavati na način



uz uvjete d=8, F(0,j)=-j*d, F(i,0)=-i*d. B(x_i,y_i) je score među dvije aminokiseline koji je dan u blosum matrici B napisanoj u kosturu programa na http://web.math.hr/~karaga/nwkostur.c .

Uvodi se još matrica P kojom se pamti iz koje ćelije smo izračunali ćeliju F(i,j). Ako je maksimum u F(i,j) bio F(i-1,j-1)+B(xi,yi), onda P(i,j)=1, to jest došli smo iz ćelije gore-lijevo. Ako je max bio F(i,j-1), onda P(i,j)=2, došli smo slijeva. Ako je max bio F(i-1,j)-d, onda P(i,j)=3, to jest došli smo odozgo. Uvjet na P je P(0,0)=0.

Zadnji element u matrici F će dati najbolji score poravnanja i sada moraš pomoću matrice P otkriti kojim putem se je došlo do tog scorea. Kreće se od kraja matrice P.

Ako je P(i,j)=1, znači da smo došli od gore lijevo pa u niz xx (to jest string u koji ispisujemo poravnanje za x) upisujemo x_i, a u drugi niz (poravnanje za y) upisujemo y_j i prebacujemo se u element koji je gore-lijevo u matrici P, tj. P(i-1,j-1).

Ako je P(i,j)=2, onda smo došli slijeva i u niz za x ispisujemo '-', a u niz za y ispisujemo y_j i prebacujemo se u P(i,j-1).

Ako je P(i,j)=3, onda smo došli odozgo i u niz za x ispisujemo x_i, a u niz za y ispisujemo '-' i prebacujemo se u P(i-1,j).

To se radi dok P(i,j)!=0, to jest dok se ne dođe do početka matrice P.
Sada se još stringovi u kojima je upisano poravnanje moraju ispisati jedan ispod drugoga, ali u obrnutom redoslijedu jer smo pomoću matrice P poravnanje upisivali odozada.

Upute za algoritam su ispisane u udžbeniku Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison - Biological Sequence Analysis.

Na stranici asist. Karage je ispisana matrica F koja se mora dobiti (uz mali ispravak: score između P i W mora biti -41, ne -42) a strelice na toj matrici označuju iz koje ćelije je koji element izračunat. Može se desiti da nekome matrica P bude nešto drugačija nego što je to na "službenoj" matrici jer se može desiti da F(i,j) može imati maksimum i ako dolazi od F(i-1,j-1) i ako dolazi od F(i-1,j) i ako dolazi od F(i,j-1) to jest u element (i,j) se može doći iz više ćelija.

_________________
The Dude Abides

[pins]

a je li nam predaja 9.5. ili nekad ranije?

[13_mac]

Koja grupa ima danas vjezbe?

Edit: Molim vas da li moze netko(tko zna) mi reci koja grupa je imala sad u ponedjeljak vjezbe , tj. koja grupa ima sljedeci tjedan vjezbe?

hvala

_________________
Đante tanda fandiga?

[ivanzub]

[Gost]

Jel moze neko malo pojasniti sto "tocno" treba napraviti u 2. dz?!?!?

[13_mac]

Koja grupa ima sutra vjezbe kod asist. Barberovic?

_________________
Đante tanda fandiga?

[biba]

ako se ne varam- 1. grupa... odnosno, grupa A!!

[Luuka]

Jel netko rješava Viterbija da mi provjeri matrice M i P?

Napomena: dobro je i ako je transponirana, ja sam uzeo da su stupci slova, a retci stanja

Prilažem i datoteku sa matricama emisija i tranzicija, unutra je i niz

i trebo bih pomoć kod backtrackinga...

Hvala

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[bubble]

Meni su stanja stupci, redovi slova niza. Evo sto sam ja dobila (i jos neki, pa se nadam da je dobro, ali ako je jos netko dobio.. )

MATRICA M
1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.040000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000180 0.001700 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000019 0.000002 0.000013 0.000101 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000001 0.000000 0.000004 0.000004


MATRICA P
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
-1 0 0 3 3 5 5 7 7
-1 1 1 2 2 5 5 7 7
-1 1 1 3 3 4 4 7 7
-1 1 1 3 3 5 5 6 7

Konacno rjesenje: B-M1-M2-M3-I3-E

Luuka, rado bi ti pomogla ali ne zelim ti krivo nesto reci. Ako je netko ovo dobio (ili nije), molim ga da bude dobar i napise sto je dobio.

Ne da mi se pisat ni nacin na koji sam dobila P ako ovo konacno ne valja.. ah..

[Luuka]

Za NADV rješenje je B-M1-M2-I2-M3-E. Tako reko profesor...

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[bubble]