Bioinformatika 2008.

[Luuka]

Imaš različite slučajeve kad si u M stanju i kad si u I stanju ili? Jer različita je rekurzija... možda si tu fulala...a one gore matrice su krive... a i nova koju sam dobio ispada kriva, po njoj su samo M stanja emirirala...

Evo nove matrice M, u datoteki...

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[bubble]

[Luuka]

Moje su krive A ni ja ne znam kaj mi je krivo...

A moguće da rješenje ne mora bit jedinstveno...

E da, pitanje (možda je to krivo ): kad tražim Mij, onda gledam u matrici T vjer da sam od nekud došo u to stanje ( recimo za stanje M1 me zanima vjer BuM1 i I0uM1 (to su T(0,0) i T(1,0) ) ), to množim sa pripadnim matričnim elementom kod B i I0 , uzmem maximum pa onda pomnožim sa emisijskom vjerojatnošću?

EDIT: I kako puniti matricu s pointerima? Ja sam nekak čudno, i očito krivo... upisivo 1 kao ide u I stanje, i 2 kad ide u M... al sad mi je čudno zašto sam stavio u P[0][0] da je 0... može help ?

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[Luuka]

@bubble Koja ti je rekurzija? Jer baš si lijepe brojkice dobila...

A pitanja od gore još uvijek stoje... još uvijek trebam pomoć oko backtrackinga i sa pointerima...

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[bubble]

Uh, sori sto sam spora, nisam mogla naci papire..

Ovo sto si prvo rekao: da, tako sam i ja. Evo, npr., da se bolje skuzimo

M[1][2] = max { M[0][1]* T[1][0], M[0][0]* T[0][0]} * E[1][broj(s1[0])] (match stanje)

E a zanima me ovo, opcenito ovo gore je:

M[i][j] = max(a,b) * E[j-1][broj(s1[i-1])];

Jesi tako i ti E napisao? Meni j ide od 1 do 8, a E ima redove od 0 do 7, pa zbog toga j-1.

Matricu sam punila ovak.

Ako se nalazim npr u M12, ocito sam mogla tu doci iz M00 i M01. E sad, ako sam dosla
iz M00, ja sam u matrici P na mjestu P12 upisala 0 (j-2), a ako sam dosla iz M01 upisala sam
1 (j-1).

Ako sam u nekom insert stanju. Ako sam dosla iz reda iznad, ali isti stupac, onda
pisem u Pij = j. Ako sam u Mij dosla iz M[i-1][j-1], pisem u Pij = j-1.

Tako nekako, valjda nisam sad nesto smuvala. Ne znam da li ti je pomoglo. U prvi red i prvi stupac sam stavila -1, bzvz jer
to nikad ne moze biti. A B sam dopisala rucno. Isto kao i zadnji.

BTW, zanemari ono za E. O tome sad pricamo, mozda i nije tak. Tj izgleda da sigurno nije.
Izgleda da je prof ipak u pravu

[bubble]

Evo, novo nesto

MATRICA M
1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.010000 0.192000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000400 0.000060 0.001440 0.029376 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000016 0.000010 0.000058 0.000014 0.000308 0.000499 0.000000 0.000499
0.000000 0.000001 0.000000 0.000002 0.000001 0.000012 0.000014 0.000005 0.000014


MATRICA P
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
-1 0 0 3 3 5 5 7 6
-1 1 1 2 2 5 5 7 6
-1 1 1 3 3 4 4 7 6
-1 1 1 3 3 5 5 6 6

B-M1-M2-I2-M3-E

Tnx Stuey i Blizzard

[Luuka]

Tnx,i ja dobih istu M (do na zaokruživanje )

A kak si radila backtracking? U P si ostavljala index stupca (ili) pa se onda nekak vraćala? Baš sam si glup

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[ivanzub]

Jel moze netko napisati postupak izvodjenja 3. zadace - Neighbour joining?

[Luuka]

Ja sam radio točno po onom kak na webu napravljeno na ruke...

Imam matricu D u kojoj su ovi podaci iz istraživanja, i pomoćnu matricu DD koja drži D(i,j)-u(i)-u(j). Vrijednosti od u računam preko pomoćne fje, nemam pomoćno polje za to, ne treba.

Na početku, u vector<string> spremim životinje, redom kak su u matrici D. Popunim matricu DD i onda dok god imam više 3 živine u vectoru: nađem minimum u DD, zapamtim u kojem retku i stupcu se taj minimum nalazi (to su neke glob varijable). Sad izbacim iz vectora živine na indexima redak i stupac (nek su to prva i druga). Izračunam d-ove po formuli, napravim novu živinu oblika (prva:d1,druga:d2) i stavim ju u vector. Još treba promijeniti D i DD da ima tu novu živinu pa iz D izbacim iste one 2 (izbacim 2 retka i stupca) i dodam jedan rekad i stupac za ovu novu živinu, vrijednosti od D računam po formuli. Opet popunim DD (jer je sad 7x7). I kad se ovo sve izbacuje, nadopunjuje u matricama nije nužno to stvarno izbacit.... samo pamtit dimenziju i njene promjene, pa se gleda do te dimenzije, tj zanemaruje jedan redak i stupac (po koraku).

Kad dođem do slučaja da nam je ostala 3x3 matrica onda radimo onaj zadnji korak koji je opisan na zadnjoj stranici.

Na kraju ispišemo zadnju živinu koja je u vectoru i to je to.

_________________
"Bolje bi prolazio na faxu da sam na drogama nego na netu" - by a friend of mine
"Poslije spavanja doma spavanje bilo di mi je najdraža stvar" - by the same guy

[ivanzub]

hvala ti, Luka.
budem malo kasnije probao isprogramirati pa se javim s dodatnim pitanjima kao ih bude.

[biba]

"Upis ocjena za sve studente koji su zadovoljni ponudjenom ocjenom na webu (obavijest se odnosi i na studente iz grupe kolegice Barberic) biti ce u petak, 27/06/08 u 14:00 u 003."

preneseno sa stranice Maje Karage... a tamo je i tablica sa ponudjenim ocjenama!!

[rafaelm]

Kako je točno glasio tekst zadataka iz zadaća na kojima ste dobivali 5 bodova za RP1? Ne megu naći na netu..

_________________
Rafael Mrđen

[bubble]

[Drake]

Zna li netko mozda link od profesorovih stranica u slucaju da se promjeni termin upisa ocjena ?

[Blizzard]

Stranice prof. Goldsteina možeš naći ovdje ....

_________________
“Your love of the halfling's leaf has clearly slowed your mind”